貝克曼離心機分離生物大分子和亞細胞物質(zhì)的基本原理是根據(jù)它們在液體介質(zhì)中或者沉降速度不同而形成不同的區(qū)帶，或者它們的密度不同而停留在液體介質(zhì)中不同的位置而把它們一一分開。前者是沉降速度法，應用該法時液體介質(zhì)的大密度要小于樣品中小顆粒的密度，離心時選用高轉(zhuǎn)速和短時間；后者是沉降平衡法，應用該法時液體介質(zhì)的大密度要大于樣品中小顆粒的密度，超速離心機離心時選用較低轉(zhuǎn)速和較長時間。實際操作有幾種形式：

　　1.差速離心這種方法是選擇不同轉(zhuǎn)速的離心，分別分離各個不同組分。例如先用低速沉降大顆粒和上清液，在高速離心上清沉降中等顆粒，后超速離心上清沉降小顆粒。二手貝克曼超速離心機采用逐級提高離心力分離上情液的方法，把不同大小的顆粒分開。

　　這種方法比較簡單，方便。分離的組份沉到管底，因此可以迅速濃縮所要的組份，減少體積。但回收率和純度是有矛盾的，要提高回收率，勢必提高轉(zhuǎn)速或延長離心時間，這樣大小相近的顆粒也會沉到管底。因此該法多用于粗提純或初步濃縮樣品。

　　2.速度區(qū)帶(或速度梯度)離心本法是將樣品放在一個連續(xù)的密度梯度液體上，二手貝克曼超速離心機通過離心，大顆粒沉降快，小顆粒沉降慢。經(jīng)過一段時間，相同的顆粒就在同一深度形成一條帶子，因此把各種組份分開來。它適用于分離密度相同、而大小不同的物質(zhì)，如不同的蛋白質(zhì)組份密度都差不多，但分子量不一樣，用本法很容易將其分開。但對密度不同、大小類似的物質(zhì)則不易分離。